一个阳光明媚的早晨，在第三新东京市的上空中划过一道光华。那光以超乎想象的速度飞过天空，降落在东京市的一个小巷子里。上条的身体渐渐地从光芒中显现出来，“是吗，我来到了EVA的世界吗？这个悲伤而又彰显希望的世界。”上条不禁有感而发地道。
“主线任务一：守护绫波丽，奖励未知。主线任务二：歼灭所有使徒，奖励十万积分。主线任务三：确保NERV全员存活，奖励五万积分。主线任务四：营救碇唯，奖励未知。主人，努力奋斗吧。”上条听到这些任务不禁无奈苦笑，这里头没一个容易的。“不过既然来了就必须做些什么。”上条激励自己道，然后询问自己身份。“双亲殉职，自愿来到第三新东京市的学生。”
上条走在路上，他现在是市立第一中学2年A组的插班生。等剧情开始还有两天，上条知道这个消息时差点发疯，开什么玩笑，才刚来就要面临使徒？不过上条也不怂，来一个杀一个，上条这次是豁出去了。到了学校以后照样是老套的自我介绍，等上条做完介绍后才注意到那个坐在窗边的女孩：绫波丽。顿时他想到了少女的悲伤故事，一个本不应该诞生的生命却诞生在这世界。
她的身体是克隆于男主角碇真嗣的母亲碇唯。而灵魂却来源于袭击地球的第二使徒莉莉丝。她的灵魂可以转移到另一具躯体但记忆却无法完全保留，这也是最大的悲哀，明明已经有了“心”但却再也无法回到温暖的感情之中去。上条这样想着，眼睛不由得有些湿润。而老师似乎注意到了什么，便让他坐到了绫波丽的旁边。
上条用余光看着旁边的少女，天蓝色的碎发，红宝石一般的眼睛，清丽却毫无感情波动的脸庞，让上条感叹之余也下定决心要让她有个快乐的时光。上午的课很快过去，学生们要么拿便当要么去小卖部，唯有一位少女独自在座位上看着窗外。
上条起身，很快便回到教室，看着少女略显苍白的脸，他心中一痛。他拍拍少女的肩，少女红色的眸子看向他，“有事吗？”“看你没带午餐便给你买了一份，要尝尝吗？”上条看着绫波丽说道。
因为他知道她不吃肉所以给她买的是素食便当，然而看着少女一点动静都没有便再次开口：“吃吧，不用客气。同学之间的帮助是应该的，不吃午餐对身体有害哦。”其实绫波丽一天吃的东西非常少。
看着面前少年真诚的语言和关心的表情，芊芊玉指便拿起一块寿司往嘴里送。上条看着她用着午餐，绫波丽只吃了五六块便停了下来，看着少年那出自真心的笑容，心中不禁浮现出淡淡涟漪。
第二天一早，上条从单身公寓中醒来。他来到厨房里，没多少时间便做好了两份便当。他提着书包走在大街上看着那熙熙攘攘的人群，心中感慨！很快，上午的课结束，上条拿出午餐并把其中一份放到少女面前“这是我给你做的，吃吃看吧。”
绫波丽看向面前精心制作的素食便当再看向少年满是关心的脸，她不想辜负少年的心意便拿起筷子吃了起来。难以想象的美味，这是少女的想法，她的嘴角不自觉地露出一丝微笑，心灵慢慢开始活动。
晚上，上条正在系统的兑换列表里寻找能派上作用的东西。一番深思熟虑后，上条花费了三千积分兑换了格斗大师和武器大师的技能，这两个技能对他日后战斗有些作用。终于，第三天的太阳缓缓升起，今天将是人类对战使徒的起始之战，也是上条守护之战的开始。
这天上午似乎过得风平浪静但其实不然，有一位少年知道接下来会发生什么。突然，一阵防空警报响起，老师们面色一变，马上领着学生们进入最近的避难所。上条跟着人群走的同时，注意到了绫波丽那变得凝重的脸色。不一会儿，少女的身影消失在了少年的眼里。上条费力地挣开人群，四处寻找着她的身影。
绫波丽此时正在长长的地下通道里奔跑着，很快便来到了地下都市。她直接冲进了NERV的本部：一个金字塔。很快就有专门人员带着她来到更衣室，她很快便换好了战斗服然后被带到了零号机面前，看着眼前冰冷的兵器。不知为何，少女毫无波动的目光中出现一丝厌恶。而在外面，第三使徒水天使已经来到地面并开始大肆地破坏，即使在地底也能听见爆炸声。
“立刻开始投入战斗。”一道清脆的女声在通迅系统里响起，说话的是NERV本部战术作战局第一课作战部长葛城美里。少女坐在升降梯上进入驾驶舱，在一系列准备完成后的零号机进入了弹射程序。“解除最终安全装置，发射准备完成，发射。”零号机飞快地通过弹射轨道向地上弹射了出去。它的身后接着电缆，如果电缆被毁的话，零号机的能源只够活动四分钟。
它来到了地上，抬起机关枪对着水天使就是一通扫射。但是使徒呈现出一道无形屏障，不管火力如何强大都对它没有用。它似乎被激怒了，眼状部位瞬间射出两道紫色破坏光线，狠狠地打在了零号机身上。绫波丽自然受到了影响，好在刚才的一击不足以破坏装甲，让它失去行动能力。她驾驶零号机与水天使拉开距离而不远处的地方，一位少年正快速接近这里。
水天使好像看出了她的意图，它不断放出光线限制零号机的移动并快速接近。绫波丽一个不小心，零号机的左手手腕被水天使猛地抓住，一阵拉扯之后它的手腕就像骨折一样诡异的弯曲。少女疼得冷汗直冒，她不断挥动右拳攻击着水天使的胸口，但很明显这并不足以致命。
水天使无视了攻击便直接掐住零号机的脖子，而在驾驶舱内的绫波丽也感觉到自己的脖子被掐住了，她呼吸困难，眉头紧紧地皱在一起。她想伸手拉开水天使抓住她脖子上的手，但是却使不出一点力气，零号机的右手无力地垂了下来。
水天使从手中放出了光之枪，想要刺穿零号机的头部，一阵剧烈的疼痛使绫波丽差点失去意识，但只是一击并不足以破坏零号机的头部装甲，所以水天使再次放出光之枪猛击零号机的头部。
因为神经链接的缘故，绫波丽的头部再度传来一阵剧痛。她不知道这场战斗会不会是自己的最后一次战斗，她的脑海里不禁浮现出少年那温柔的脸与他给自己做的便当。“也许再也无法见面了呢。”
她无力地想道。指挥室里的葛城美里脸色焦急地看着这一幕但却没有任何办法。其他人的脸上似乎浮现出绝望的表情，如果零号机无法战胜水天使的话，那他们岂不是都要完蛋，而人类也就彻底完了！
奇迹真的不会出现吗？如果真的有奇迹的话，那又由谁来引发或创造呢？
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